Probiyotikler, faaliyet gösterdikleri bölgenin bakteri florasanın dengelenmesine yardımcı olurlar. Ağız içinde sık tekrarlayan aftlar, yaralar ,mantar enfeksiyonları gibi rahatsızlıklar genellikle ağız floramızın sağlıklı bir bakteri dengesinin olmadığının işaretleridir. Çeşitli ortodontik apareyler veya hatalı yapılmış protezlerde de herkesin doku cevabı farklılıklar gösterebilmektedir. Bazı hastalarda ortodontik apareyler ve aygıtlar yanak ve dudaklarda tahrişlere ve yaralanmalara neden olabilir iken, sağlıklı ve dengeli bakteri florasına sahip bireylerde bu tarz tahrişlerin oluşma sıklığı daha azdır ve oluştuktan sonra da iyileşme ve toparlanma süresi çok daha kısa olmaktadır. Probiyotikler bakteri dengenizi sağlamakta  önemli bir yardımcınız olacaktır.